後輪の泥除けは難しいです。

シートステーとチェーンステー用の取り付け穴は開けたのですが、タイヤとのクリアランスが決まりません。

シートステー部とチェーンステー部のクリアランスはそれなりに揃った気がするのですが、

頂点部は隙間が広いです。
後端部は狭いです。

前輪の泥除けに比べると、全長が長い所為がもしれませんが、なかなかクリアランスが揃いません。
泥除けの円弧の円の中心点がハブシャフトの中心と一致すれば、全体のクリアランスが揃うと頭ではわかっているのですが、泥除けの円の中心がどこかが分かりませんので今の状態では無理です。
シートステー側と、チェーンステー側、両方のスペーサーを増やしてみて、結果が出なければ、中心位置の確認用の治具を作ろうかと思います。